indesign可变数据教程-使用MA Anderson Queen的软件SpliceSeq分析TCGA数据库的RNA

MA Anderson 的皇家软件 SpliceSeq 已于 2012 年发布：“SpliceSeq：用于分析和可视化有关选择性剪接及其功能影响的 RNA-Seq 数据的资源”

事实上，用于RNA-seq寻找可变剪接工具的工具软件近年来发展迅速。 2019 年 12 月发表的综述：“RNA-seq 研究差异剪接工具的系统评估”

SpliceSeq 生成的选择性剪接数据库

事实上，MA anderson 已经使用皇家软件 SpliceSeq 为 TCGA 数据库中的所有 RNA-seq 找到了可变剪切卡通人物，并将结果存储在一个 Web 工具中供大家使用：

您可以通过 How to Cancer 中的选择性剪接轻松检查您感兴趣的基因是否出现在 TCGA 数据库中：

而且TCGA数据库中所有癌症的SpliceSeq软件结果数据都可以下载，于是33*5的数据挖掘灌水文章就诞生了。

当然ip形象，现在有联合 SpliceSeq 软件结果结合甲基化和其他数据，例如：

下载并安装

该文档非常详细。

mkdir -p ~/biosoft/SpliceSeq
cd ~/biosoft/SpliceSeq
wget http://projects.insilico.us.com/SpliceSeq_2.3/SpliceSeq.zip
unzip SpliceSeq.zip 
cd SpliceSeq
java -jar SpliceSeq.jar --help

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如果你只看帮助文档，会有一些看起来像错误的东西：

No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.

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因为这个java软件有一个UI界面，和fastqc一样，为了方便那些不懂shell编程的朋友使用，直接点击鼠标就可以使用。

软件使用过程也有完善的文档：

还有很多具体的细节：

这个软件不大；

 361 Apr 29  2016 DB.properties
2.0K Apr 29  2016 SGAnalyzer.properties
2.4K Apr 29  2016 SGAnalyzerPrograms.properties
4.6M Apr 29  2016 SpliceSeq.jar
 498 Apr 29  2016 SpliceSeq.properties
 126 Apr 29  2016 SpliceSeq.state.properties
3.9M Nov  3  2016 SpliceSeqAnalyze.jar
1.5K Sep 10 18:40 SpliceViewer.log
  65 Nov  3  2016 example
 953 Apr 29  2016 log4j.xml

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它有两个功能

浏览器功能（用于访问 SpliceSeq 数据库的 SpliceSeq 查看器）

这个一般用不到indesign可变数据教程，因为我们可以直接在web工具中体验一下：

主要原因是需要操作MySQL，这对于大多数生物信息工程师来说是困难的。

SpliceSeq 分析仪

需要配套的领结软件，如果是界面版软件，运行起来比较简单

同样需要阅读文档：

如果是命令行的话就复杂一点：

其实就是需要修改软件的example文件夹下的两个配置文件。 当然，笔者本人其实更推荐使用界面版软件，方便配置。

结果解释

因为软件太老了indesign可变数据教程，不想再运行了，所以暂时不解释了。 其实我还是推荐其他的软件工具，比如我几年前写的教程：